Los dos puertos principales son Gamla Höfnin (puerto antiguo) y Sundahöfn.  Ambos puertos son conocidos como el Puerto de Reikiavik y dependen de la autoridad portuaria de la ciudad. No hay instalaciones para pasajeros, ya que el puerto acoge exclusivamente barcos de transporte de mercancías. El Puerto de Seydisfjordur (http://www.seydisfjordur.com/), en el este de la isla, tiene algunas instalaciones para pasajeros.

Servicios de ferry: Se pueden hacer travesías marítimas directas hasta Reikiavik con la compañía carguera Eimskip (tel: 525 7000; fax: 525 7009; página web: http://www.eimskip.is/). Sus barcos realizan semanalmente la travesía entre Reikiavik y Eskifjordur (Islandia), Torshavn (Islas Feroe), Rótterdam (Holanda), Hamburgo (Alemania), Aarhus (Dinamarca), Gotemburgo (Suecia) y Fredrikstad (Noruega). La compañía Smyril Line (tel: 570 8600; página web: http://www.smyril-line.fo/) ofrece durante el verano un servicio semanal de ferry de pasajeros y coches entre Seydisfjordur en el este de Islandia y Torshavn (Islas Feroe), Bergen (Noruega), Hanstholm (Dinamarca) y Lerwick (Islas Shetland).

Transporte hasta la ciudad: El Puerto de Reykiavik está situado al noreste de la ciudad, a poca distancia a pie del centro. Seydisfjordur está aproximadamente a 15 horas en autobús de Reikiavik (los horarios de ferry hacen que se tenga que pasar la noche en Seydisfjordur).