El Puerto de San Francisco (página web: http://www.sfport.com/) se encarga del Ferry Building de The Embarcadero, situado al final de Market Street. El puerto se encuentra a 11km (7 millas) de la Bahía de San Francisco, y se extiende desde Hyde Street Pier en el norte hasta India Basin en el sur. El puerto cuenta con restaurantes, paseos y las atracciones del Fisherman's Wharf (véase Atracciones principales). El recientemente remodelado Ferry Building Marketplace ofrece todo tipo de comida. Las tiendas ofrecen quesos artesanales, pescado fresco, fruta y verduras orgánicas, delicatessens, vinos, y hay además cafeterías y restaurantes. La librería Book Passage organiza seminarios y conferenicas de escritores de misterio y escritores de viajes. El mercadillo que se celebra aquí tiene lugar los martes, jueves, sábados y domingos y el sábado suele ser el día más grande.

Ferry: El Ferry Building es la terminal en la que están los barcos turísticos y los ferries locales de Marin County (véase Transporte público). Golden Gate Transit Ferry (tel: (415) 455 2000; página web: http://www.goldengateferry.org/) ofrece servicios a Marin County. Podrá encontrar información sobre todos los servicios de ferry en la página web:  http://www.transitinfo.org/. Bay Crossings es el centro de información turística en el que se pueden comprar los billetes de ferry y que se encuentra en el Ferry Building (página web: http://www.baycrossings.com/).

Transporte hacia la ciudad: La línea Muni F para en el Ferry Building y va a lo largo de Market Street hasta Castro District o Fisherman´s Wharf. La estación BART de Embarcadero se encuentra a tres manzanas hacia el suroeste.