A lo largo de su historia, Estocolmo ha sido siempre un puerto de gran importancia. El fácil acceso al mar y a las vías fluviales del archipiélago y al interior (como el canal de Göta entre Estocolmo y Gotemburgo) hacen de la ciudad un destino ideal para los viajeros de embarcaciones. La autoridad del puerto es el Ports of Stockholm Group (tel: (08) 670 2600; e-mail: info@stoports.com; página web: http://www.portsofstockholm.com/), que se encarga de los puertos de Estocolmo, Nynäshamn y Kapellskär, por los que pasan cada año aproximadamente 200 cruceros. Sus muelles tienen capacidad para barcos de hasta 245 metros (800 pies) de altura y los ferrys pueden amarrar a escasa distancia de la Ciudad Vieja. Los muelles para ferrys son Frihamnen, Stadsgarden y Vartahamnen, dependiendo del tamaño de la embarcación. El puerto dispone de instalaciones para inmigrantes y los mostradores del Servicio de Información de Estocolmo ofrecen información, reservas hoteleras y alquiler de coches.

Servicios de ferry: Hay servicios frecuentes de ferry a otros puertos del mar Báltico. Silja Line (tel: (08) 222 140; página web: http://www.silja.com/) tiene conexiones habituales con Helsinki, Åbo, Mariehamn y Tallin, así como travesías ocasionales a San Petersburgo. Viking Line (tel: (08) 452 4000; página web: http://www.vikingline.fi/) organiza cruceros en ferry a Mariehamn, Långnäs, Turku y Helsinki, así como hasta Tallin vía Helsinki. Tallink (tel: (08) 666 60 01; e-mail: info@tallink.se; página web: http://www.tallink.se/) tiene un servicio entre Tallin y Estocolmo y Polferries (tel: (08) 520 68 660; página web: http://www.polferries.com/) otro entre Gdansk y Nynäshamn. DFDS Seaways (tel: (08) 702 520 524; página web: http://www.dfdsseaways.co.uk/) dispone de servicios de ferrys con transporte de vehículos desde Newcastle a Gotemburgo (duración del trayecto: 25 horas y 30 minutos), con salidas desde Newcastle los lunes y jueves.

Transporte público a la ciudad: El centro se encuentra situado a poca distancia a pie del puerto de Estocolmo. Se pueden conseguir taxis fácilmente. Nynäshamn, a 60 km (37 millas) al sur de Estocolmo, está comunicado con la ciudad por la carretera 73 y por tren, mientras que la E18 llega a Kapellskär, a 90 km (90 millas) al norte de la capital.