El Danubio discurre de oeste a este por el centro de la ciudad y hay barcos-crucero de lujo que efectúan el recorrido río arriba hacia Budapest o río abajo hacia Viena. También existe otro servicio regular que tarda 75 minutos desde y hacia Viena, así como a otros destinos como Budapest, parte de Fajnorovo nabrezie 2 (al lado del Museo Nacional Eslovaco). La principal empresa eslovaca de ferries es Lod (tel: (02) 529 32 226 or 529 63 518; página web: www.lod.sk/old/_en/index.php).