La compañía nacional de ferrocarril es Philippine National Railways (tel: (02) 287 3062 ó 365 4716; página web: http://www.phr.gov.ph/). Los servicios son básicos, aunque los asientos suelen ser sorprendentemente cómodos y algunos vagones disponen de aire acondicionado. La principal estación de Manila es Tutuban, Claro M Recto Avenue, Tutuban (tel: (02) 287 3062). Las instalaciones para pasajeros son limitadas, aunque el centro comercial Tutuban tiene bancos y otros servicios.

Servicios de ferrocarril: Hay conexiones por tren entre Manila y la ciudad de Legaspi, en la península de Bicol (duración del trayecto: 12 horas), así como servicios a destinos del norte como San Fernando. Esta es en realidad la única línea de ferrocarril del país (aunque existen planes de construir otra línea en Mindanao), un hecho que refleja la carencia de infraestructuras en Filipinas.

Transporte público hasta la ciudad: Los únicos medios de transporte urbano disponibles en la estación son taxis, autobuses y jeepneys, unos pequeños autobuses públicos muy populares.